En janvier 2011, le ministre des Affaires étrangères polonais, Radosław Sikorski, a présenté une proposition au Conseil des affaires étrangères de l'UE pour la création d'une nouvelle initiative européenne, baptisée « Fonds européen pour la démocratie », à l'occasion de la révision de la Politique européenne de voisinage. L'idée consistait à créer une institution destinée à compléter les instruments européens de promotion de la démocratie et à combler les lacunes existantes par le biais d’une aide plus souple et moins bureaucratique.
Ce projet devint l'initiative phare de la Présidence polonaise du Conseil de l'UE durant la seconde moitié de l'année 2011. L'initiative reçut l'appui politique de la Haute représentante de l'Union européenne pour les affaires étrangères et la politique de sécurité alors en exercice, Catherine Ashton et du Commissaire de l'UE pour l'élargissement et la politique européenne de voisinage alors en exercice, Štefan Füle. Elle fut ensuite inscrite dans une communication conjointe de la Haute représentante et de la Commission européenne sur Une stratégie nouvelle à l'égard d'un voisinage en mutation. Ce travail s’est conclu par l’adoption des Conclusions du Conseil de décembre 2011, et la Déclaration sur la création d'un Fonds européen pour la démocratie. En mars 2012, le Parlement européen exprima également officiellement son soutien par le biais de sa recommandation à l'intention du Conseil sur les modalités de l'éventuelle création d'un Fonds européen pour la démocratie.
Après la finalisation des statuts du FEDEM par les États membres et les institutions de l’UE, la première réunion du Conseil des gouverneurs s’est tenue le 13 novembre 2012, et les opérations du secrétariat du Fonds ont démarré au mois de juillet 2013. Le Fonds repose sur un partenariat entre les institutions de l'UE, la Commission et le Parlement, et les États membres.
À l'origine, le mandat du Fonds concernait les seuls pays du voisinage européen. En 2015, le Conseil des gouverneurs du Fonds a toutefois adopté une décision en vue d'étendre le domaine de compétence des activités du Fonds afin de couvrir les « voisins des voisins » et notamment : le Bahreïn, le Tchad, l'Iran, l'Iraq, le Koweït, le Mali, la Mauritanie, le Niger, Oman, le Qatar, l'Arabie saoudite, le Soudan, la Turquie, les Émirats arabes unis, le Kazakhstan, le Kirghizistan, la Russie, le Tadjikistan le Turkménistan et l'Ouzbékistan.
En 2018, le Fonds a une fois de plus étendu ses opérations aux Balkans occidentaux pour inclure désormais l'Albanie, la Bosnie-Herzégovine, le Kosovo, la Macédoine du Nord, le Monténégro et la Serbie.
