في كانون الثاني / يناير 2011، قدّم رئيس الوزراء البولندي رادوسلاف سيكورسكي لمجلس الشؤون الخارجية في الاتحاد الاوروبي اقتراحًا بتأسيس مبادرة أوروبية أخرى، المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية، آملاً بنيل تأييد المجلس لتأسيس المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية ضمن إطار المراجعة المقرّرة لسياسة الجوار الأوروربي، وقد نصّ المقترح على تأسيس مؤسسة مكمِّلة لأدوات دعم الديمقراطية الأوروبية وردم الفجوة من خلال تقديم المساعدة بشكل مرن متحرّر من قيود البيروقراطية.
كانت هذه المبادرة من أهم معالم الرئاسة البولندية لمجلس الاتحاد الأوروبي في النصف الأول من العام 2011 وقد حظيت بالتأييد السياسي من الممثل الأعلى للشؤون الخارجية والسياسة الأمنية بالاتحاد الأوروبي كاثرين أشتون وكذلك مفوض شؤون التوسع وسياسة الجوار الأوروبي ستيفان فيولي وقد تم رفعها في كتاب مشترك للممثل الأعلى والمفوضية الأوروبية حول الاستجابة لجوارٍ متغير. وبلغ هذا العمل ذروته في استنتاجات المجلس في كانون الأول/ ديسمبر 20111، والإعلان المتعلق بإنشاء المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية2. بدوره، أعرب البرلمان الأوروبي رسمياً في مارس / آذار 2012 عن دعمه من خلال توصياته إلى المجلس بشأن كيفية إنشاء المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية34.
بعد أن وضع دول الأعضاء الأوروبية ومؤسسات الاتحاد الأوروبي اللمسات الأخيرة على النظام الأساسي للمؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية، انعقد الاجتماع الأول لمجلس المحافظين في 13 تشرين الثاني / نوفمبر 2012 وانطلقت أعمال أمانة سر المؤسسة الأوروبية من أجل
الديمقراطية في تموز / يوليو 2013. المؤسسة مبنية على شراكة بين مؤسسات الاتحاد الاوروبي، والمفوضية والبرلمان الأوروبي، والدول العضو.
في بداية الأمر، اقتصر دور المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية على مساعدة دول الجوار الأوروبي، ولكن في العام 2015، وبقرارٍ من مجلس المحافظين في المؤسسة، بدأت المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية بدعم الشركاء "في الدول المجاورة للجوار الأوروبي". وهذه الدول تشمل: البحرين، تشاد، ايران، العراق، الكويت، مالي، موريتانيا، النيجر، عمان، قطر، المملكة العربية السعودية، السودان، تركيا، الإمارات العربية المتحدة، كذلك، كازاخستان، قيرغيزستان، روسيا، طاجيكستان، تركمانستان، اوزبكستان.
مع بداية عام 2018، وسّعت المؤسسة الأوروبية من أجل الديمقراطية نطاق عملها إلى غرب البلقان وباتت تقبل المؤسسة طلبات الدعم القادمة من: ألبانيا والبوسنة والهرسك والجبل الأسود وصربيا وكوسوفو وجمهورية شمال مقدونيا